Terbentuknya sekolah yang berkarakter, berprestasi, berbudaya, dan ramah lingkungan
Misi SMAN 3 Bantul
Menanamkan 6 (enam) nilai karakter utama Profil Pelajar Pancasila (bertaqwa, berkebhinekaan global, mandiri, gotongroyong, bernalar kritis, kreatif)
Membangun pribadi siswa yang kompetitif dalam pembelajaran, pembimbingan yang berkualitas sehingga sukses dalam Olimpiade (KSN, FLLSN, OPSI, FIKSI, FELSI) dan seleksi PTN (SNBP & SNBT), TNI/POLRI dan Sekolah Kedinasan lainnya
Mengembangkan kepribadian Indonesia dengan budaya Yogyakarta yang ramah anak, santun berperilaku dan bertutur kata dalam kehidupan sehari-hari (5S: Senyum, Salam, Sapa, Silaturahmi, dan Sabar)
Menciptakan lingkungan belajar yang rindang, asri dan indah sehingga tercapai hidup sehat baik jasmani maupun rohani